Η αναπαραγωγική ενδοκρινολογία αφορά στην ενδοκρινολογία του αναπαραγωγικού συστήματος τόσο στη γυναίκα, όσο και στον άνδρα.
Ο ενδοκρινολόγος εξειδικεύεται στο να διαγνώσει και να αντιμετωπίσει προβλήματα του αναπαραγωγικού συστήματος όπως ορμονικές διαταραχές, προβλήματα εμμήνου ρήσεως, υπογονιμότητα, επαναλαμβανόμενες αποβολές, σεξουαλική δυσλειτουργία, εμμηνόπαυση κλπ.
Η αντιμετώπιση των προβλημάτων, ανάλογα με την περίπτωση, γίνεται τόσο συντηρητικά (φάρμακα γονιμότητας, θεραπείες υποβοηθούμενης αναπαραγωγής), όσο και χειρουργικά.